ニルスのふしぎな旅はNHKで放送されました。ニルスはスェーデンのスコーネ地方に住むイタズラな少年です。いつも家畜をイジメて遊んでばかりいて、学校や勉強、家の手伝いなど大嫌いでした。そんなニルスを両親は心配しているのですが、ニルスは両親のそんな思いなど完全無視、いつも自分のしたい放題の日々をおくっていました。

両親が教会へ出かけている最中に、ニルスは聖書を読みながら眠ってしまいます。その時、大きな箱の中から不思議な妖精が現れて、目を覚ましたニルスは妖精を捕まえます。妖精が金貨をあげるから助けてほしいというと、ニルスは妖精の出した金貨を受け取ります。ですが欲張り心が芽生えたニルスは妖精を逃がすことをしませんでした。

怒った妖精はニルスに魔法でおしおきをします。ニルスの手をたたいて体をみるみる小さくしてしまいました。この時、ハムスターのキャロットも一緒に小さくされてしまいました。

小さくされたニルスを見て、家畜たちはここぞとばかりに仕返しをしますが、そこで渡り鳥のガンの群れが現れて飛べないにわとりやがちょうをからかいます。でもプライドの高いがちょうのモルテンは、飛べるようになりたい!と前々から思っており、ガンの群れを追って飛び上がりました。その調子に合わせるかのように、ニルスとキャロットもモルテンに飛び乗ります。

ここからニルスの人間界を離れたガンの群れとの不思議な旅が始まります。そしてモルテンやキャロット、ガンの群れと友情が芽生えるようになります。ニルスは小さくされてから動物の言葉が分かる様になり、旅の途中で出会う様々な動物たちと交流を深めます。

例えガンの群れであっても1人勝手なことは絶対に許されない、1人で生きて行くことは絶対にできないなど、ニルスは色々学んでいきます。ガンの群れの隊長・アッカは動物界の中で尊敬されているガンです。アッカは自然界の厳しさをニルスに教える先生でもあるんですね。

意地悪キツネのレックスは、いつもおなかをすかせている模様で、狙った獲物をニルスが逃がしてしまうので、それ以来しつこく追いかけるようになります。

でもレックスはいつも失敗の連続でニルスには勝てませんでした。意地悪キツネだけど、どこか憎めないのが脇役のいいところでもあります。

旅の途中でモルテンはめすのガンのダンフィンと出会い、恋に落ちます。ダンフィンのいた群れは人間に銃で撃たれて殆ど死んでしまい、その後はアッカ率いる群れに新しく加わります。

その時、ニルスは初めて人間がいかに動物を傷つけているのかを実感し、心を痛めるようになります。自然界で生きて行くためにはお互いが思いやりを持たなければ…またここでニルスは大きく成長していきます。

ガンの群れは長旅を終えてラプランドに到着します。ラプランドは鳥の楽園・故郷と呼ばれる美しい国で、ここで鳥たちは結婚して巣作りを始めます。そして卵を産み、ひながかえると3か月間鳥たちの子育てをします。その後またスコーネへ戻ります。

ニルスはスコーネが近くなると段々不安になってきました。妖精の魔法はとけるのか?と。でも隊長アッカの妖精から聞いた話は魔法をとくにはモルテンの命が必要だと告げられます。

苦しむニルスでしたが、とりあえず家の様子を見に行き、両親にひそかに別れを告げようとしていたその時です!モルテンまで来てしまい、運悪く父親に捕まり殺されそうになります。

思わず「殺さないで!」と飛び出したニルスは母親の開けるドアと同時に魔法がとけて元の大きさに戻ることが出来ました。妖精曰く「ニルスの心の成長が魔法をとかす結果になった。」と。

そしてガンの群れと別れました。